De acuerdo con el Real Decreto 1629/2006, del Ministerio de Educación y Ciencia, las enseñanzas de la Escuelas Oficiales de Idiomas se estructuran, con carácter general, en tres niveles: Nivel Básico (A2), Nivel Intermedio (B1) y Nivel Avanzado (B2). Asimismo, el Real Decreto faculta a las administraciones educativas para implantar cursos superiores: C1 y C2. Los niveles indicados entre paréntesis se refieren a los niveles establecidos en el Marco Común Europeo de Referencia para las Lenguas (MCER).

En la Comunidad Autónoma del País Vasco, en el curso 2007-08, se implantaron los nuevos Nivel Básico (A2) y Nivel Intermedio (B1), simultaneándose con el todavía vigente Ciclo Superior (4º y 5º) del plan antiguo.

Este curso, 2008-09, se ha implantado el Nivel Avanzado (B2), completándose la implantación del nuevo plan de estudios establecido con carácter general en el Real Decreto referido y quedando invalidado en plan antiguo.

Asimismo, en las EEOOII de esta Comunidad Autónoma del País Vasco se ha implantado en este curso 2008-2009 el Nivel de Aptitud (C1).

• Oficial: presencial, los alumnos acuden a clase y pueden examinarse por cursos en las convocatorias correspondientes.
• Libre: el alumnado no asiste a clase y únicamente se presenta a las pruebas de certificación de los diferentes niveles. No existe límite de convocatorias. No se puede simultanear una matrícula oficial y una libre para el mismo idioma, en un mismo curso académico.

La superación de las pruebas establecidas al final de cada ciclo da lugar a la obtención de la correspondiente certificación académica:

• Certificado de Nivel Básico (A2)
• Certificado de Nivel Intermedio (B1)
• Certificado de Nivel Avanzado (B2)
• Certificado de Nivel de Aptitud (C1)

Estas titulaciones son oficiales tanto en la Comunidad Autónoma Vasca como en el resto del estado español.

- El Certificado de Ciclo Superior o Aptitud está convalidado con el EGA (Decreto 263/1998 de 6 de octubre, BOPV de 23 de octubre).
- El Gobierno Vasco contempla así mismo las siguientes equiparaciones para los trabajadores públicos:

• El 4º curso del Plan antiguo de EOI equivale al PL1 de Educación y al PL2 de la Administración Pública Vasca.
• El Certificado de Ciclo Superior o Aptitud del Plan antiguo equivale al PL2 de Educación y al PL3 de la Administración Pública Vasca.